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朱一凡之所以要去长崎，一是因为三哥朱一仁在那里做生意，且这生意和地下室的巨款有关，其二，自然是为了那个来去如风的神秘女忍者如烟。但当他告诉朱一忠他要去长崎的时候，这位平日里颇为沉稳的中年汉子，竟然脸色遽变，一连问了他三遍“五弟，你想好了要去长崎？你确定？”。
朱一忠的大惊小怪让朱一凡坚信了长崎一行的正确性，也让他意识到，长崎或许还有一个比朱家巨款还要大的秘密等着他去破解。
对于长崎在德川幕府时代的重要性，朱一凡是有所了解的。它是德川幕府闭关锁国情况下与外间的唯一窗口，它的形成，源于基督教在日本的传播和影响。
在江户时代前期，幕府对于西方人传教和贸易是欢迎的，织田信长对基督教采取保护和奖励政策，丰臣秀吉开始也是这样。由于日本民族对外具有极强的开放性，所以基督教在日本传播很快，许多大名和武士成为基督教教徒。其中一部分是出于信仰，因为基督教对于刚刚经历过战国时代纷争的日本提供了精神上的抚慰和支柱；另外还有一部分皈依基督教是出于现实的需要，因为基督教为他们与欧洲人的贸易开辟了一条通道。
葡萄牙和西班牙是旧教国家（天主教）。旧教国以传教作为殖民扩张的手段，因而国家保护并促进传教。江户时代前期在日本活动的主要是葡萄牙人和耶稣会。耶稣会是为了对抗新教而建立起来的旧教教团，它将传教和贸易结合起来，亦即“商教一体”，利用贸易作为传教的手段和经费来源。因此，耶稣会的活动主要是两个方面：一是贸易，二是传教。
耶稣会的传教方针是：以提供军需品和贸易利益为诱饵，先使大名先信教，再通过大名劝说甚至强迫领地内的民众信教；采用适合日本风俗的方式传教，如利用佛寺或建立佛寺式的教堂，借用佛教的语言宣讲教义。因此，传教士与大名互相利用，使得天主教在日本得到了迅速的传播。
面对基督教迅猛的传播蔓延，幕府在欣喜地引进和学习西方先进的物质文明时，忽然意识到对外贸易的发展、武器的进步以及平等思想的传播对于他们的统治具有难以估量的冲击力。
日本的幕藩体制不同于中国操莽式的挟天子以令诸侯，并非中央集权制，幕府对藩国的日常事务不能实行直接领导，将军对大名的统治表现在经济上对他们的绝对优势和人身上对他们的直接控制。一旦大名通过领地收入之外的对外贸易获得了财富，就将取得同幕府抗衡的经济手段。其次大名在同外国交往过程中，不知不觉接受西方思想熏陶，接受并推广基督教，成为了意识形态上的异己力量，产生对幕府统治离心力。同时，基督教宣言上帝创造人、创造世界，显然，基督教的教义是不提倡忠君礼教的，其宗教思想与神道教、佛教教义不可调和，严重危及了幕府统治阶级的封建**道德秩序。
于是德川家康和他继任者发布了一些列的禁令，主要包括以三点：1．禁止国人出海；2．禁止天主教；3．拒绝葡萄牙人来日。其主要目的隔绝西教影响与垄断海外贸易，最终目标是禁绝天主教在日本的传播与影响。
驱逐了葡萄牙人，但幕府和荷兰人保持了贸易关系，其原因在于荷人兰不传教，对幕府采取合作的态度。因此德川幕府将荷兰定为“谱代之被官同前”即等于是将军家臣。
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