朱由校以前看明朝史料时发现三大营越往后期战斗力越不行。
例如，明世宗嘉靖时期，营政废坏如故，京营兵士仅余5万余人，加派文臣提督团营。嘉靖十五年，都御史王廷相受命提督团营，当时他对营务的看法：一是军士多被朝廷及中贵、武臣拉去服工役，不似武夫，倒与田夫无异；二是到了年龄的兵士，应由子弟替代，但吏胥上下其手，索要重贿，使贫困老弱兵士充斥营伍；三是富裕的兵士不愿参加营操训练，贿赂将领将名籍列入老家。
至崇祯年间，营务已尽领于中官。出战时，廪给优厚，挟势凌虐将士，瓦解军心。明末，营将尽为内监私人，不懂军事，营兵只是注名支粮，买人雇役，朝甲暮乙。崇祯帝屡次要求严加训练，但每日操练者不过二三百人，未到黄昏，人已散去。
明末京营在上百年的不断腐化变质后，在李自成的闯军打到北京时守城的京军仅有3000 人，京营根本就没有发挥多少作用。
不仅如此，目前京营很大一部分是武将勋戚的后代，靠着家里的关系在京营里某一份官职，吃着空饷不训练，早已没有战斗力了。
像这样一支军队，怎么可能打的赢仗，只能拖后腿。但这支中央军队又是真正属于他朱由校直接掌控的亲军。可以这样说，如果到了最危急的时刻，这支部队是朱由校他自己最后的救命符。
若是自己的嫡系军队很烂，怕是在大敌来时便如崇祯皇帝那般无兵可保自己，因此，无论是什么也要给它来个刮骨疗毒，彻底改造。
孙传庭不愧是个狠人，刚一接手京营便着手在校场清点人数，把未到人员名单递交给朱由校，之后把部分不听号令的人抓起来，还当场杀了几个人以正军威。
因此，在那几天天天都有勋戚进宫面圣或者托后宫之人前来游说，请求放过那些整顿时被抓的亲戚朋友，还指责孙传庭目中无人，完全不把祖上赫赫功勋的功臣之后放在眼里。尤其是成国公朱纯臣，仗着自己是驸马都尉和成国公的身份当场大骂孙传庭，可是孙传庭不为所动，马上把他也给抓了，现在人还在军营里被关押着。
这个家伙在历史上开门迎闯王，结果后来被李自成一刀砍了，亏崇祯那么信任他，这种贰臣不要也罢。
但由于朱纯臣是皇亲国戚，不好动，所以孙传庭请示该如何处理。
为了能够使这只部队脱胎换骨，成为强军，朱由校毅然决然地将朱纯臣之类勋贵废物提出京营，对那些游说的人进行一番痛斥，并且还一次性把只想过好日子，不训练的勋戚子弟和靠他们关系进去混日子的人全部清除出去了。
尽管这些人或多或少有些不满，但是见皇帝如此坚决整顿京营，在皇帝强硬的态度下还是妥协了，毕竟他们的特权是依附皇帝才得来的。朱由校下令给那些离去的人四十两遣散费，对于愿意留下来的则进行改造。
另外，孙传庭在整饬期间内发现京营有两人出类拔萃，他们就是周遇吉和鲁钦。
史载周遇吉为人勇武善射，骁猛异常。周遇吉在京营任职时，亲眼目睹明末战乱四起，山河破碎，深知京营乃朝之羽林，更应肩负救亡之重任。于是对京营现状痛心疾首的周遇吉也曾对身边的将领们说，诸位皆世受皇恩，为何不勤加操练征战疆场？但是周遇吉的语重心长显然没有在他们心中激起任何波澜，其他人都笑话他。
鲁钦出生于武将家庭，青年时期袭任父职，以府军卫身份中武进士。万历年间任山西副总兵，而后曾在天启年间镇压四川奢崇明叛乱，勇敢善战，被被称为西南诸将之冠。
这两人都是猛将，故而孙传庭向朱由校推荐鲁钦和周遇吉两人。
为了检验成果，并且展现自己作为皇帝对军队的重视，于是朱由校便觉得前往大营视察一番。
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