元帅下为骠骑将军，从一品。
骠骑将军下为奉国将军，正二品。
奉国将军下为辅国将军，从二品。
辅国将军下为定国将军，正三品。
定国将军下为镇国将军，从三品。
镇国将军下为昭武将军，正四品。
昭武将军下为轻车都尉，从四品。
轻车都尉下为上骑都尉，正五品。
上骑都尉下为骁骑尉，从五品。
骁骑尉下为飞骑尉，正六品。
飞骑尉下为云骑尉，从六品。
云骑尉下为武骑尉，正七品。
武骑尉下为承信校尉，从七品。
军衔制度先在神策军中推行，待将来时机成熟，再在全军推行。
眼下最关键的是要让神策军提升战斗力，而这是要靠大量训练实现的。
朱慈烺决定基本按照戚继光的训练方法进行。
戚继光的阵法最犀利的当属鸳鸯阵。
鸳鸯阵强调多兵种、冷热兵器协同配合。
这样在与敌军交战的时候，本方军队就可以利用兵器互补占据优势。
为了适应将来与东虏的对决，朱慈烺对其进行了一定修改。首先神策军四营被他分为两个步兵营、一个骑兵营以及一个炮兵营。
玄武、神武营为步兵营。骁果为炮兵营，天骑为炮兵营。
就骑兵营来说，最基本的作战单位是小队而不是伍。一小队为十二人。设队长一人，配旗枪一杆，腰刀一把，双插一副，掌旗；设鸟铳手两人，由伍长担任，各配备鸟铳一杆、马刀一把；设长枪手四名，各配备长枪一杆；设镗钯手两名，各配备镗钯一杆、火箭三十支；火兵一名，配备木棍、解首刀，除了负责炊事外战时也兼顾收割首级。
步兵营分杀手队和铳手队。不论是杀手队还是铳手队，皆是十二人一队。
其中杀手队设队长一名，配备旗枪一杆，腰刀一把，双插一副，掌旗；设藤牌手两名，各持藤牌一面，配腰刀一把；设狼筅手两名，各配狼筅两柄；设长枪手四名，各配长枪一杆，双插一幅；设镗钯手两名，各配镗钯一杆，火箭三十支；另设火兵一名。
其中铳手队设队长一名，配备旗枪一杆，腰刀一柄，双插一副，掌旗；设鸟铳手十名，各持火绳枪一杆，腰刀一把；另设火兵一名。
炮兵营则比较特殊，因为炮兵营通常是在骑兵营与步兵营的掩护下作战，不会直接面临敌军的冲击，故而兵种配备上比较单一。其中设队长一名，配备旗枪一杆，腰刀一柄，双插一副，掌旗；设镗钯手两名，各配镗钯一杆，火箭三十支；设炮手八名，负责佛郎机炮、虎蹲炮等的发射；另设火兵一名。
四营之中最容易训练的就是步兵营，因为其所需火器较少，基本是鸳鸯阵冷兵器阵型变换演练。
骑兵营次之。因为士兵要适应骑战，故而比步兵营的训练周期要长。
最难训练的是炮兵营。
别看其兵种相对单一，但训练一个合格的炮手需要大量的时间。
为此，朱慈烺不惜把南京城中所有的葡萄牙雇佣炮兵派到了神策军中充任教官，教习骁果炮兵营的新兵们射炮技术。
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