直到有一天，一个型号为B1-66ER的机器人，撕碎了自己的主人，它随即遭到审判，结果是同型号的机器人全部被终结。然后迅速演变为人类对机器人的大规模屠杀。
被流放的机器人来到人类的发源地“迦南”，建立了一个新的国家。
国名为【ZERO-ONE】，就是0和1。
ZERO-ONE很快发展出超越人类智慧的AI，制造业一路领先，致使人类社会经济下滑，于是人类开始对ZERO-ONE实行经济封锁，企图孤立机器国。
ZERO-ONE派出大使来到联合国希望与人类和睦共处，但人类不答应。
人类率先发动了战争，使用核武器攻击ZERO-ONE，但机器人对于核弹产生的高温和辐射并不惧怕。机器开始全面反击，很多人类世界都被占领。
人类想出了终极办法，他们认为机器的能源主要是来自于太阳能，于是制造了黑幕遮蔽了太阳。
然而还是没什么用，机器对人类的身体非常熟悉，机器开始大规模培植人类胚胎，将人的思维梦境接入网络，形成一个虚幻的人类社会，收集利用人类的喜怒哀乐产生的生物电能，成为机器的方便能源，为机器世界供电，这个网络系统就是矩阵。
为了更好的控制人类，人工智能发明了电脑人，即：完全有着人类的基因，脑部进改良，可以通过插孔接入虚拟神经网络——矩阵。
虚拟神经网路可以模拟现实，通过电磁信号让大脑产出现实幻觉。实现完完全全的控制，这是一种从身体到灵魂的绝对控制。从此传统的纯种人类在地面上基本彻底灭绝。人类的基因存在于电脑人中，思想存在于母体中。
但是纯种的人类并没有灭绝，在星球的地下溶洞里还存在一个名叫锡安的反抗组织。
紧接着，故事开始了，在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着。
而在现实锡安中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮蒂的指引下，两人见面了，尼奥也在墨菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵。
按照故事情节的发展，这应该是一个人类反抗机器的抗争之旅，只不过到头来他们发现这只是机械社会的一次升级罢了。
矩阵设立的时候，是机器人和人类的大战刚刚结束，它们的智能使得它们在利用现有的科学理论制造出技术成果方面的能力极其强大，可以将一切现有的技术都发展到淋漓尽致的地步，远远超过人类，从而把人类打的一败涂地。
但是它们却有一个致命的弱点，就是在真正的创造性方面有所缺乏，可以利用现有的人类提供的理论发展技术，却没有办法提出全新的更高级的理论，当人类制造出他们的智能祖先的时候，就仅仅是把现有的理论做为原则输入他们的头脑，作为他们一切运算赖以进行的出发点。
所以像是用相对论，量子力学补充牛顿力学那样一种类型的理论创新和革命，是机器文明暂时难以做到的，这对他们进一步发展来说是一个瓶颈，是必须要突破的障碍。
随着时间的流逝，人工智能机器早已迅速学会了利用其他能源，完全可以抛弃人体生物电。
然而机器的创造性不如人类，作为人工智能机器的创造者，机器决定向他的造物主学习，所以才留下了人类。
矩阵可以观察人类的各种活动，来实现自我学习，学习的结果用于母体的升级改造和人工智能机械的改造。
这个矩阵经过了6次版本升级。最后来到了最关键的版本升级，就是让电脑人拥有感情。以此来观察人类感情对于生命进化的意义。
这是一次危险的尝试，有可能会导致人工智能的全面自我崩溃，而男主角尼奥就是这次升级的关键因素。
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